Os acontecimentos em Stargate Atlantis seguem-se ao episódio final Lost City da sétima temporada de Stargate SG-1, no qual a equipe SG-1 encontrou um posto avançado na Antártida construído por uma raça conhecida como os Antigos. Com os desdobramentos em New Order, episódio inicial da oitava temporada de Stargate SG-1, o Comando do Stargate envia uma equipe internacional para investigar o posto. O Dr. Jackson descobre a localização da mais grandiosa cidade criada pelos Antigos: Atlântida. A nova série acompanha as aventuras de um grupo de cientistas e militares que embarcam numa viagem sem volta para aquela cidade, na Galáxia Pégasus. Da mesma maneira que as equipes SG de Stargate SG-1, o uso, pela nova equipe, do Stargate coloca a humanidade em contacto com outras culturas, algumas humanas, outras alienígenas, algumas amigáveis, outras profundamente hostis, como os Wraith.
Episódio duplo. No episódio de estreia da série, um novo grupo de exploradores se aventuram na cidade perdida de Atlantis. Presos numa nova galáxia e sem a possibilidade de voltar a Terra, o grupo se depara com um poderoso inimigo.
Ainda não existe uma sinopse disponível.
Atlantis é ameaçada quando uma entidade alienígena é libertada por engano. As experiências de McKay com tecnologia alienígena não trazem bons resultados.
Um grupo no Saltador de Poças ficam presos num portal. O problema pode ser fatal se eles não agirem rápido.
Como os Wraith continuam atormentando as missões de Sheppard, Weir começa a desconfiar que existe um espião duplo agindo entre eles.
Sheppard e seu grupo chegam a um planeta totalmente habitado por crianças. Elas acreditam que sua religião conseguiu manter os Wraith afastados por quinhentos anos.
A equipe Atlantis encontra uma civilização humana que pode ter desenvolvido uma arma formidável contra os Wraith.
Teyla apresenta a equipe Atlantis aos Genii, um simples grupo de fazendeiros que escondem um segredo perigoso.
A equipe Atlantis encontra um caminho de volta à Terra, mas logo descobre que poderá não conseguir retornar a Atlantis.
Uma grande tempestade ameaça destruir a cidade. Enquanto isso, a equipe Atlantis enfrenta a ameaça dos Genii.
O major Sheppard faz um perigoso jogo de Gato e Rato com soldados que assumiram o controle de Atlantis e estão fazendo Weir e McKay reféns.
A equipe de Sheppard investiga uma nave abatida dos Wraith e acabam ficando presos em um planeta juntamente com um sobrevivente da raça Wraith.
Vários moradores de Atlantis são infectados por um vírus mortal. Com isso, os governantes são forçados a isolar a cidade.
A equipe encontra um mundo que seria o local ideal para aqueles que fogem dos Wraith. No entanto, os habitantes deste paraíso acreditam que seu Deus não permitirá que isso aconteça.
Uma mulher é encontrada em animação suspensa em Atlantis. A equipe fica chocada ao constatar tratar-se da Dra. Weir, que conta ao grupo sobre sua viagem de 10 mil anos ao passado da cidade.
A equipe parte em busca de um valioso equipamento que supostamente, está escondido no planeta Dagan. No entanto, seus novos aliados têm suas próprias razões para apanhar o objeto.
Os integrantes da expedição Atlantis encontram uma brecha para enviar transmissões a Terra e gravam mensagens em vídeo para seus entes queridos.
Quando pesadelos terríveis sobre os wraiths atormentam Teyla, ela vai se aconselhar com o psicólogo da cidade, e descobre que ela pode “sentir” os wraiths. Determinada a descobrir mais sobre essa sua característica, ela lidera uma pequena equipe em missão a um planeta, no qual as vítimas dos wraiths retornam “miraculosamente”. Lá, eles descobrem o que parece ser um laboratório de estudos genéticos. Será que a ligação de Teyla com os wraiths é resultado de experiências genéticas?
Um esquadrão Wraith está a caminho de Atlantis. A equipe procura um lugar para escapar e uma maneira de destruir a cidade. Mckay lidera uma equipe para tentar ativar a plataforma orbital de armas dos Antigos.
Um novo contingente militar da Terra é enviado para assumir o comando de Atlantis, e defende-la de um iminente ataque dos Wraith.
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