Antes da vida como Super-Homem, o jovem Clark Kent encara os problemas da adolescência enquanto aprende a controlar seus poderes e usá-los para proteger a cidade de Smallville.
Após salvar Lana do furacão, Clark fica sabendo que a tempestade arrastou a nave espacial e enterrou seu pai vivo junto com um jornalista corrupto.
Uma nova professora chamada Desyrê, muito bonita e jovem entra na escola de smallville e logo na primeira aula dela Clark desperta um novo poder, a visão de calor.
Clark revela ao seu amigo Pete o seu segredo e seus poderes.
Clark fica agressivo após a exposição de um anel de um novo tipo de kryptonita: A vermelha, que altera sua personalidade.
Lana se encanta por um poeta misterioso que lhes deixa diversas cartas de amor. Lana e Clark vão investigar o poeta e descobrem que ele não é o que aparenta ser.
Uma moça faz diversas vítimas na escola, só para se manter jovem. É que na verdade, ela beija as suas vítimas para sugar-lhe a juventude, para assim, nunca envelhecer.
Uma mulher aparece em Smallville dizendo ser mãe de Clark, deixando Martha e Jonathan temerosos, já que Clark nem se quer é desse planeta.
Ryan, o garoto com poderes telepáticos, está sendo vítima de um médico que anda fazendo muitas experiências ilegais com ele, cabendo a Clark salvá-lo.
Ian tem o poder de estar em dois lugares ao mesmo tempo, já que ele pode se dividir em dois.
Clark descobre uma caverna que carrega diversos segredos sobre ele, e ainda se apaixona por uma mulher que sabe sobre sua história.
Whitney volta para Smallville para reconquistar Lana, que, a essa altura, não lhe ama mais.
Lex por vingança contrata capangas para instalar câmeras no escritório do seu pai Lionel.
Quando Lionel é baleado, Jonathan é preso, mas após Clark e Pete fazerem sua própria investigação na cena do crime, eles percebem que várias pessoas tiveram a oportunidade de matar Lionel.
Um grupo de estudantes organiza uma festa nas cavernas, Chloe e Pete aparecem por lá, Pete tenta evitar que alguém deteriore as pinturas da Caverna.
Lex encontra Lucas, seu irmão. Juntos, eles planejam se unir contra o pai, Lionel. Clark vai ao Talon e descobre que Lana está contratando um novo ajudante.
Martha e Clark ficam doentes por causa da Kryptonita. Resta a Jonathan achar uma solução para que sua família não morra
Dr. Virgil Swann possui uma mensagem à Clark de seu planeta natal. E Lana se muda da casa de Chloe após ambas discutirem.
Clark acredita ter encontrado uma pessoa de seu planeta natal, ele é um garoto do seu colégio.
Depois de Lana ter estado a ponto de ser agredida por um estudante da universidade, Clark perde o controle e o machuca.
Clark falha quando não consegue impedir um roubo de um caminhão que está repleto de Kryptonita.
Lana recebe a visita de uma amiga de infância, Emily, que esta morta há anos. Assustada, Lana pede ajuda a Clark para descobrir o que esta acontecendo.
Dr. Walden acorda do coma e diz a Lex e Lionel que Clark está destinado a dominar o mundo.
Jor-El, o pai biológico de Clark, o avisa que ele deve deixar Smallville.Não querendo isso, Clark rouba uma cópia da Chave octogonal feita por Lionel.
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