Shaun e Jared ficam na mira de Andrews, Claire tenta convencer Melendez a fazer uma cirurgia cardíaca de risco, e Glassman enfrenta uma decisão difícil sobre sua saúde.
Enquanto Shaun tenta convencer o Dr. Melendez a tratar um zelador do hospital gravemente doente, a Dra. Lim arrisca um processo para reparar a circuncisão de uma adolescente.
Enquanto confronta Andrews sobre a rotina dos residentes, Claire se junta a Melendez para tratar um paciente que sofre de infertilidade. Shaun promete cuidar de Glassman.
Shaun recorda o passado para ajudar um adolescente com deficiência intelectual, Claire atende um jovem alpinista ferido, e Glassman tem alucinações no pós-operatório.
Uma paciente pede a Shaun que não conte ao marido que ela fez uma cirurgia para perder peso. Claire e Melendez discordam no tratamento de uma mulher anoréxica.
Shaun e Morgan discordam da gravidade de um paciente. Claire faz amizade com uma adolescente cujos pais acreditam que ela esteja sofrendo com o estresse do divórcio.
Claire tenta ajudar um colega da faculdade, mas é surpreendida com um pedido. Shaun e Morgan negociam os termos de um transplante de órgão entre dois irmãos.
Uma paciente revela um segredo ao marido depois que o tratamento dá errado. Enquanto isso, Melendez, Morgan e Park tentam salvar um menino cujos pais não acreditam em vacinas.
Melendez, Morgan e Claire lidam com o desejo de um paciente em realizar uma operação que o afastaria de desejos pedófilos; e Shaun Murphy aprende uma lição de empatia.
Um vírus mortal força o hospital a ficar em quarentena, ameaçando a vida de pacientes e médicos.
Melendez e Claire precisam improvisar um ambiente estéril para um transplante de medula óssea, enquanto Shaun assume um parto por conta própria pela primeira vez.
Nos adias após a quarentena, a equipe do Hospital San Jose St. Bonaventure tenta retornar às suas rotinas normais, pois o Departamento de Saúde Pública decide que precisa rever o que aconteceu para restaurar a confiança do público. Enquanto isso, enquanto a Dra. Audrey Lim se recupera do vírus, ela e o Dr. Neil Melendez navegam sua nova relação pessoal e profissional, enquanto o Dr. Shaun Murphy e o Dr. Aaron Glassman tentam relaxar e visitar Lea no trabalho.
O Dr. Shaun Murphy, a Dra. Morgan Reznick e a Dra. Audrey Lim tratam uma mulher com autismo e uma delicada condição cerebral, enquanto ela lida com o relacionamento complicado que tem com sua colega de quarto, que também está no espectro. Enquanto isso, Lea e Shaun ainda estão descobrindo seu status de amizade e companheiros de casa.
Andrews lidera uma equipe cirúrgica em um delicado procedimento de transplante de rosto. Shaun e Glassman curtem um dia de folga e terminam em uma viagem.
O novo chefe de cirurgia questiona se deve manter Shaun como residente após sua dura honestidade com a mãe de um recém-nascido gravemente doente.
Enquanto Shaun procura convencer o chefe Han a reintegrá-lo como residente, as convicções religiosas de um paciente colocam Claire em desacordo com Melendez e Morgan.
Shaun quer se juntar à equipe para ajudar na remoção do tumor. Ainda fora das cirurgias, ele deve usar seus talentos para descobrir a causa dos ferimentos de uma criança.
Uma briga de bar leva Shaun a buscar tratamento no hospital. Park e Morgan discordam sobre os sintomas de uma paciente idosa. Melendez e Lim tornam seu romance público.
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