Antes da vida como Super-Homem, o jovem Clark Kent encara os problemas da adolescência enquanto aprende a controlar seus poderes e usá-los para proteger a cidade de Smallville.
Sob a influência da Kryptonita vermelha e vivendo em Metrópolis, Clark se envolve com o rei do crime Morgan Edge, que o contrata para invadir a Luthor Corp.
Clark e seu pai Jonathan lutam, até Clark decidir voltar a Smallville sem o anel de Kryptonita Vermelha.
Van McNulty, aluno do Colégio Smallville, rouba informações confidenciais de Chloe e passa a matar todos os infectados e suspeitos de serem infectados por meteoro.
Clark sonha constantemente com Sarah pedindo sua ajuda e logo ele descobre que ela é sua nova vizinha que se encontra em coma.
Perry White vê Clark usar seu poder e elabora um plano para que ele revele sua verdadeira identidade.
Clark descobre que seu pai biológico, Jor-El, já esteve na terra mais ou menos 40 anos atrás. O tio-avô de Lana fornece fotos do passado, deixando Clark perplexo.
Lana muda de comportamento, se tornando uma mulher perigosa após se envolver com um rapaz. Só que esse novo namorado de Lana possui poderes, e as atitudes da moça se devem a eles.
Morgan Edge volta a Smallville e Lex tenta forçá-lo a contar a verdade sobre a morte dos pais de Lionel.
Três pacientes do sanatório se unem para fugirem, o primeiro é Eric Summers que conseguiu transferir os poderes de Clark para si.
Clark fica cego quando ele usa sua visão de calor para destruir uma bijuteria feita de kryptonita, mas o raio acaba sendo refletido, causando cegueira nele.
Chloe sofre atentados por parte de Lana e Clark. Sem saber o porquê disso, Clark pede ajuda a Lex para resolver essa história e descobrir quem esta tentando matar Chloe.
Jordan prevê o futuro e diz a Clark que Lana irá morrer, Clark corre contra o tempo para mudar o destino de Lana.
Pete é ameaçado por ladrões de um racha após vacilar, e sem saber o que fazer, ele suplica para que Clark o ajude.
Clark conhece Alicia, uma infectada por meteoros. Sentindo-se livre perto da moça, eles se envolvem em uma relação.
Garrett tem seu irmão morto por causa de uma enfermidade no fígado. Só que inacreditavelmente ele volta vivo no outro dia após já ter entrado em óbito.
Clark recebe um misterioso telefonema de Lana, só que a ligação veio do futuro e nela, Lana é baleada por Adam Knight.
Jonathan começa a agir de forma diferente e Clark acha que isso tem a ver com Jor-El e por isso vai para as cavernas tirar satisfações com ele, só que ele é flagrado por Lionel lá.
Chloe em busca de vingança por seu pai ter sido demitido injustamente, vai investigar a LuthorCorp e acaba sem querer sendo infectada.
Acreditando que a informação chave sobre o passado de seu pai foi perdida quando sua memória foi apagada, Lex decide se juntar a um programa experimental com o Dr. Garner.
Jeremiah Holdsclaw, um jovem índio Kiwatche, rouba uma faca mística das cavernas tribais e obtém superpoderes semelhantes aos de Clark.
Emily, antiga amiga de Lana que morreu e foi clonada na Luthorcorp foge e vai em busca de Lana. Ela a prende e mente a Clark que Lana já foi pra Paris.
Kara aparece na vida de Clark pedindo para que ele cumpra seu destino. Enquanto isso, o julgamento de Lionel acontece e Lex e Chloe conseguem colocá-lo atrás das grades.
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