Blindspot conta a história de um agente do FBI que, misteriosamente, se vê em meio a uma conspiração. A história começa quando Jane Doe (Jaimie Alexander), completamente sem memória, é encontrada nua no meio da Times Square, em Nova York, com o corpo coberto de tatuagens recentes. E uma dessas tatuagens é o nome do agente do FBI Kurt Weller (Sullivan Stapleton). Agora, ele terá que desvendar os mistérios: Quem é esta mulher e o que significam suas tatuagens?
O agente do FBI Kurt Weller assume o caso de uma mulher com amnésia e o corpo coberto de tatuagens, sendo uma delas o próprio nome dele.
Uma das tatuagens de Jane leva a equipe a um piloto de drone com um plano de vingança. Uma cicatriz traz à tona um trauma de infância de Kurt.
Um homem do passado de Jane é assassinado quando a visita. Um ladrão de joias tem uma tatuagem igual à de Jane. Um teste de DNA traz um resultado surpreendente.
Uma tatuagem leva a equipe a uma dupla de cientistas com planos de lançar no mundo um vírus mortal. Um exame dentário contradiz o resultado do DNA de Jane.
A equipe bate de frente com Carter e a CIA. Jane conhece a família de Kurt, e ele se recusa a fazer as pazes com o pai.
Jane sonha com um amante misterioso que pode ou não ser Kurt. O FBI vai atrás de um aplicativo de hacker capaz de rastrear veículos do governo.
Uma tatuagem leva a equipe a uma cidade de secessionistas e até Saúl Guerrero, um fugitivo cuja prisão leva Mayfair a revelar uma operação ultrassecreta para Kurt.
A relação entre Kurt e Mayfair fica estremecida quando ela revela segredos de operações passadas. A equipe tenta evitar o assassinato de policiais.
Jane e Kurt se passam por assassinos para visitar uma ilha remota e tentar impedir a morte de testemunhas cujos nomes foram descobertos por um hacker.
A equipe desmonta uma célula de espionagem russa. Carter sequestra e tortura Jane para forçá-la a relembrar uma parte de seu passado.
Seguindo a pista de uma tatuagem, a equipe chega a uma ilha onde os passageiros de um avião desaparecido foram feitos reféns. Oscar pede que Jane confie nele.
Um ataque a uma base militar ligada a uma das tatuagens de Jane leva a equipe a um sargento e um programa secreto para criar supersoldados.
Uma denúncia anônima deflagra uma busca por um espião infiltrado no FBI, liderada por um inspetor que suspeita que Jane esteja envolvida no desaparecimento de Carter.
A equipe tenta salvar um prisioneiro inocente do corredor da morte e desmontar uma operação de tráfico de pessoas, mas a investigação coloca a vida de Zapata em perigo.
Depois que Kurt é ferido por uma bomba em uma galeria de arte, Jane e Edgar fazem uma busca na casa do artista e são atacados por um atirador conhecido de Jane.
A equipe persegue um general que está vendendo gás sarin para a Coréia do Sul. Oscar e Jane se aproximam. Patterson lida com o luto no aniversário de morte de David.
Patterson segue uma pista deixada por David em um jogo de palavras cruzadas. Kurt pergunta a seu pai sobre o sequestro de Taylor.
O FBI pede ajuda a um criminoso para capturar um terrorista, Jane conhece o pai de Kurt, e uma pessoa do passado de Mayfair reaparece.
A equipe vai à Hudson University solucionar um caso de fraude em bolsa de estudos que envolve ex-jogadores de futebol, mas acaba deflagrando atos de violência.
A equipe localiza uma garota autista que fez um desenho igual a uma das tatuagens de Jane e descobre um diplomata com ligações terroristas.
Os agentes do FBI são hackeados, e Reade e Sarah acabam prejudicados. Jane percebe que Oscar a usou para acusar Mayfair do assassinato de sua namorada.
A equipe busca um grupo de cientistas que está criando bebês por encomenda. Mayfair escapa, e o pai de Kurt revela um segredo.
Kurt tenta provar que seu pai estava dizendo a verdade. Enquanto isso, Jane começa a se lembrar de Oscar com detalhes perturbadores.
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