Helix é um suspense intenso sobre uma equipe de cientistas do Centro de Controle de Doenças, que viaja para um centro de pesquisa de alta tecnologia no Ártico para investigar uma possível contaminação, mas acaba se envolvendo numa luta assustadora de vida ou morte, na qual encontra-se o segredo para a salvação da humanidade… ou seu extermínio.
15 meses após os eventos da Arctic Biosystems, o novo time do Centro de Controle de Doenças, com a adição do biotoxicologista Kyle Sommer, responde a um surto em polencial em Windjammer, no norte do Pacífico.
O Centro de Controle de Doenças continua a investigar a ilha quando uma criança doente aparece. Após a cura milagrosa do jovem, Jordan suspeita que nem tudo está certo na abadia.
Peter e Jordan deixam a segurança da abadia para recuperar alguns espécimes e descobrem o que está vivendo na floresta. Enquanto isso, a irmã Amy conspira para fazer com que eles saiam dali para sempre.
Alan luta contra a vontade de se juntar ao time, enquanto Michael sofre para manter o controle da abadia. Enquanto isso, a reunião de família de Hatake e Julia se torna letal.
Peter revela o segredo do irmão e faz com que ambos tenham problemas. Ao mesmo tempo, Kyle tenta colocar tanto o pomar quanto o enxame infectado em quarentena.
O time do Centro de Controle de Doenças é forçado a trabalhar em conjunto quando outro surto ameaça a Abadia.
As coisas vão de mal a pior na ilha. Enquanto isso, Walker decide ir para St. Germain após descobrir sobre Michael.
Enquanto a equipe CDC se recupera da devastação do suicídio em massa de Michael, a Guarda Costeira chega com novidades de um novo surto. Enquanto isso, indignada com seu aprisionamento, Amy toma controle da abadia, prendendo Michael na cova. Jordan está convencida de que seu bebê ainda está vivo, então revela a verdade dos imortais para Kyle em troca de sua ajuda.
Alan, Kyle e Winger procuram na floresta por três sapos vermelhos mortos que podem ser a cura para a doença.
Na abadia, a irmã Amy consegue uma barganha pela imortalidade, enquanto, na floresta, a corrida para encontrar a Árvore que Sangra está a todo o vapor agora que Kyle está infectado.
A marinha se prepara para implementar o plano B, uma solução final para assegurar que o vírus e todos os infectados não saiam da ilha.
Kyle e Jordan tenta sair da ilha, mas a fuga se complica. Enquanto isso, Walker e Alan tentam dar fim ao plano mortal de ILARIA.
A relação de Alan e Walker chega ao clímax sangrento. Enquanto isso, Kyle faz o melhor para proteger uma possível cura.
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