A série “Bones” gira em torno da Dra. Temperance Brennan, uma exímia antropóloga forense que trabalha no Instituto Jeffersonian e cujo passatempo é escrever romances policiais. Ela é chamada para ajudar nas investigações policiais de assassinato sempre que não é possível identificar a vítima pelos métodos tradicionais, seja porque o corpo está decomposto, foi carbonizado ou está totalmente desfigurado. O talento e a experiência de Brennan recaem em sua grande habilidade de desvendar as pistas ocultas que se escondem por trás do cadáver e/ou ossada das vitimas. Nesta terceira temporada, a dupla Booth/Brennan está atrás de um serial killer que assusta a cidade e toda a equipe de peritos se envolve numa investigação que promete ser uma das melhores “caçadas” da televisão.
Quando a equipe do Jeffersonian identifica os restos mortais de uma mulher encontrados em um campo de paintball, eles descobrem dois relatórios de desaparecimento em sua ficha. Booth e Sweets interrogam o marido da vítima, e descobrem que ela sofria de amnésia. Quando Wendell Bray descobre que a vítima também sobreviveu a um ferimento de bala, inconsistências em seus registros médicos desvendam um crime surpreendente ligado ao seu assassinato. Enquanto isso, Brennan e Booth ajustam-se à sua nova vida como um casal esperando um filho, e lidam com as próximas mudanças em sua vida doméstica.
A equipe do Jeffersonian identifica os restos mortais de um campeão de competições de comida, poucos dias antes do início dos Gluttony Games, uma competição de comida com um prémio de US$10.000 em jogo. O notável trabalho do novato – e ex-delinquente juvenil – Finn conecta evidências obscuras encontradas na barriga de uma cobra com as leis da física para ajudar a resolver o crime. Apesar de seu brilhantismo no laboratório, Finn é recebido com hostilidade e ceticismo, levando Cam a questionar sua decisão de dar a ele uma chance para começar de novo. Enquanto isso, Booth é pego de surpresa por um anúncio que Brennan faz sobre seu bebê. Para dissipar a tensão entre eles, o casal compromete-se a fazer uma experiência, e cada um coloca-se na situação do outro.
Depois que os restos mortais de uma executiva de uma empresa de brinquedos são encontrados devidamente embalados com uma boneca, o CEO da empresa dá a Booth e Sweets acesso ao laboratório de protótipos, onde detalhes da vida pessoal da vítima começam a aparecer. Enquanto isso, Sweets, com o apoio de sua namorada (Daisy Wick), prepara-se para seu teste para obter um certificado de uso de armas, apesar de Booth não gostar da ideia de ver Sweets carregando uma arma. Brennan questiona-se se será uma boa mãe, e usa o caso como uma forma de compreender a importância dos brinquedos nas crianças.
Restos mortais desmembrados são descobertos em caixas de correio, e a equipe do Jeffersonian identifica a vítima como um empregado de uma loja de impressões e entregas, onde a equipe recentemente havia dividido o prêmio de loteria. A equipe descobre um triângulo amoroso complicado entre dois funcionários casados e a vítima, e enquanto as motivações apontam o marido como suspeito, uma pista crítica leva-os a resolver o crime definitivamente. Enquanto isso, o avô de Booth dá notícias inesperadas e a Agente Especial Genny Shaw aprende a importância do trabalho em equipe.
A equipe descobre os restos mortais de um “caçador de tempestades” que parece ter morrido enquanto seguia um tornado, mas as imagens gravadas durante a tempestade levam todos a acreditar que ele foi assassinado. Enquanto isso, Booth torna-se cada vez mais superprotetor em relação a Brennan tanto em casa como no trabalho em campo, e, sem dormir direito, Angela e Hodgins concorda em deixar o roqueiro pai de Angela cuidar de seu filho recém-nascido.
A equipe investiga o que parece ser uma cena de assassinato em um monumento nacional, mas a única pista deixada é uma mensagem codificada feita com sangue humano. Cortesia de um novo inimigo com muitos conhecimentos tecnológicos, esta pista será o início de uma caçada para a solução. Enquanto isso, Booth e Brennan procuram um novo lar.
Booth e Brennan não conseguem concordar com os planos para o nascimento de sua filha; um bairro está em risco quando restos humanos nos esgotos entopem as canalizações locais.
Quando os restos de uma acumuladora de cupons são encontrados do lado de uma estrada, a investigação leva a equipe para o supermercado onde ela fazia compras; Brennan se ajusta a estar no trabalho e longe de seu bebê; Cam está infeliz com a escolha de sua filha de pretendentes.
Um cadáver que foi tingido de azul é encontrado em um aterro sanitário; quando Bones se sente desconfortável com seu corpo pós-bebê, Booth tenta aumentar sua autoconfiança.
Quando restos mortais são encontrados no meio da floresta, a equipe é chamada para determinar como e por que este funcionário da empresa de transporte rodoviária foi assassinado.
Quando um cadáver é descoberto na floresta, a equipe é levada a duas famílias envolvidas em uma disputa de quase um século de feudo; Brennan fica apreensiva quando seu pai (Ryan O’Neal) se oferece para tomar conta de sua filha.
Enquanto está em Los Angeles para consultar sobre um filme baseado em seu último livro, Brennan descobre que o cadáver sendo usado é uma vítima de assassinato; Booth recebe uma oferta de emprego; informações embaraçosas sobre o passado de Cam vêm à tona.
Quando um suspeito do passado está de volta ao tribunal pedindo recurso, Booth e Brennan trabalham para provar que ele é culpado de uma vez por todas; Brennan se torna uma suspeita.
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