Depois que a Terra é destruída por disputas religiosas e a raça humana beira a extinção, um arquiteto de androides ateu envia duas de suas criações, Mãe e Pai, para o planeta Kepler-22b com a intenção de iniciar uma nova colônia pacífica e sem deuses. Os androides tentam criar seus filhos humanos nesta misteriosa terra virgem, tarefa difícil e traiçoeira que é ameaçada pela chegada do Mitraico, ordem religiosa de humanos sobreviventes profundamente devotos.
Os androides Mãe e Pai fogem de uma Terra inabitável para se estabelecerem no planeta Kepler-22b e formarem uma família com seis embriões humanos. Doze anos mais tarde, só uma criança, Campion, ainda existe.
Após o seu confronto com Marcus e os Mitríacos, Mãe leva cinco dos seus filhos nascidos na Terra — Tempest, Paul, Hunter, Holly e Vita — para viverem na colónia.
Quando as crianças Mitríacas ficam misteriosamente doentes, Campion suspeita que Mãe os está a envenenar e planeia uma fuga.
Determinado a provar a sua utilidade à sua unidade familiar, Pai tenta ensinar os filhos a caçar algumas criaturas misteriosas de Kepler-22b para se alimentarem.
Sob o comando de Marcus, os Mitríacos entram por um caminho de escusos para resgatar as crianças e acabam por depara-se com mais um sobrevivente da Arca.
Depois de reacender a sua conexão com o seu criador, mãe vê-se distraída por sentimentos intensos que ela não sabia que era capaz de sentir, sem saber que Marcus, Sue e o Mitríacos estão a aproximar-se do assentamento.
Debatendo-se para manter a sua influência como líder dos Mitríacos, Marcus começa a tomar decisões que perturbam a sua família, enquanto que a capacidade da Mãe de vê-lo como realmente é, ameaça o poder dele e a coloca numa posição precária.
À medida que Marcus continua a dedicar-se à sua nova devoção mitríaca, aprofunda-se a desconfiança que Sue e Paul têm por ele. Entretanto, Mãe tenta aliviar os erros identificados, e Hunter trabalha num projeto secreto com o Pai.
Determinada em manter as crianças em segurança, Sue pondera se deve ou não confiar na Mãe. Entretanto, Tempest confronta o seu trauma, e Hunter continua a tentar restaurar o Pai.
Paul começa a exibir um comportamento perturbador, semelhante ao de Marcus, levando a uma descoberta chocante. O pai luta com emoções semelhantes às humanas. Mãe e Pai descobrem um segredo surpreendente sobre o planeta em questão, assim que uma nova ameaça surge em Kepler-22b.
Enquanto Mãe, Pai e as crianças enfrentam hostilidade em sua nova comunidade ateísta, e Marcus se propõe a ocupar as paredes de uma igreja antiga com devotos do Sol.
Enquanto a comunidade é encarregada de caçar a serpente, Mãe tem de lidar com emoções complicadas. Acreditando que isso ajudará sua causa, Marcus tenta encontrar a criatura antes que os ateus.
Depois de descobrir que a serpente não é violenta, Mãe a defende com todas as suas forças, enquanto Pai se ocupa com a regeneração de um novo androide. Provido de novos poderes misteriosos, Marcus aumenta sua congregação.
Depois que a Confiança usa as crianças para atingir Marcus, Mãe faz justiça com as próprias mãos e Pai tem uma revelação.
Sue recorre à reza em seu desespero para curar Paul, o projeto de Pai tem uma nova vida e a esperança é brevemente renovada para Marcus e seus seguidores.
Enquanto Mãe fica distraída com o nascimento iminente do bebê de Tempest, Sue e Paul fazem planos para libertar Marcus e plantar a árvore, mas descobrem algo horripilante.
Marcus e Paul unem forças com Mãe para desarmar a recém-munida serpente antes que ela cause uma destruição inimaginável.
Avó revela seus próprios objetivos, Marcus busca vingança e Mãe tenta neutralizar a serpente, mas é pega pelas consequências.
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